MSE™ składa się z dwóch cześć: diagnostycznej i strategicznej. W obu pojawiaj się matryce. W części diagnostycznej – najczęściej wykonywane są 4 następujące:
- MATRYCA IDENTYFIKACJI- to opis cech znamiennych barier mentalnych rozpoznawanych przez uczestników warsztatów MSE™
- MATRYCA OBECNOŚCI – to wykaz stanów rzeczy zidentyfikowanych przez uczestników warsztatów, jako objawy konkretnych syndromów
- MATRYCA SKALI- to wizualizacja poziomu obecności wszystkich syndromów rozpoznanych w danym zespole
- MATRYCA WIZUALIZACJI – sporządzana jest dla każdego syndromu ilustrując wzajemnie ich powiązania, konsekwencje i uwarunkowania